Jetzt kann ich eine gute Nachricht überbringen. Mein DVD-Laufwerk funktioniert wieder unter beiden Betriebssystemen parallel, bei installiertem GRUB. Um ähnlich geplagten wie mir eine Hilfe zu geben meine Lösung hier einmal ein wenig erklärt:
Mein Rechner ist ein Notebook der Marke Nexoc, im speziellen ein Osiris E703 III. Diese Modell wird allerdings nicht von Nexoc gebaut, sondern ist ein Barebone-System von Clevo mit der Bezeichnung Clevo M570U. Sucht man nach der Modellbezeichnung und Grub findet man mehrere Themen zu ähnlichen Problemen. Häufig verschwindet allerdings das DVD-Laufwerk sowohl unter Linux als auch Windows.
Allerdings habe ich da den entscheidenden Hinweis erhalten, nämlich das Grub oder Linux (hab selber nicht gesucht) beim Booten die Meldung "ata2: disabling port" erzeugt. Dies scheint daran zu liegen, dass das Optische Laufwerk werkseitig auf dem Secondary Slave angeschlossen ist. Da es sich ja aber wie gesagt um ein Notebook und somit um ein SlimLine-Laufwerk handelt, ist schnelles "umjumpern" nicht möglich.
Nun habe ich als Optisches Laufwerk ein "Optiarc DVD RW AD-7540A" verbaut. Optiarc ist eigentlich nur eine (aufgelöste) Tochter von Sony/Nec. Nach kurzem Suchen nach modifizierter Firmware bin ich über [diese][1] Seite gestolpert. Zwar gab es dort keine aktuellere Firmware, jedoch sind unten zwei Tools verlinkt, mit denen sich das Laufwerk auf "Normal ATA" und "Reverse Ata" einstellen lässt. Nach kurzen erfolglosen mit dem ersten Tool hat das zweite Tool dann die gewünschte Wirkung gehabt. Nun taucht das DVD-Laufwerk zwar nicht mehr im Bios auf (der Secondary Master Eintrag ist ausgeblendet), aber beim POST wird das Laufwerk erkannt und funktioniert auch zum Booten.
Danach nur noch GRUB2 neu installiert und gehofft, dass das Laufwerk in beiden Systemen gefunden wird. Dem ist auch so und zumindest zur Zeit ist dieses Problem somit gelöst. Jetzt kann ich dran gehen und den Grub-Screen noch ein bisschen hübscher machen.